The word cuestión is quite similar to English question, but it is a false friend. It usually means issue, subject, for example:

No quiero hablar de esto, es una cuestión muy delicada = I don’t want to talk about it, it’s a very delicate issue

The sentence “ser cuestión de” is equivalent to the English "to be a question of":

Es cuestión de dinero = It’s a question of money
Resolverlo es cuestión de tiempo = To solve it is a question of time

On the contrary, pregunta is a doubt, a question that needs to be clarified:

Profesor, tengo una pregunta = Teacher, I have a question
En el examen hay 20 preguntas = There are 20 questions in the exam

Remember that in Spanish we hacemos preguntas (literally, "do questions"):

CORRECTO: ¿Puedo hacer una pregunta?
INCORRECTO: ¿Puedo * preguntar? ¿Puedo * preguntar una pregunta?

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